1、主要参数控制
一般空调比较偏重温度、湿度、新鲜空气量和噪声的操控，而医用空调组合机组更偏重的是操控室内空气的含尘量、风速、换气次数，这也就是 净化空调比较特别重视的当地所在，特别是对生物洁净室而言，菌含量是主要的操控参数之一。
2、空气过滤手段
普通的空调在过滤时一般只有粗效一级过滤，较高的也只是粗效中效两级过滤处理，医用空调组合机组的要求会更高，它会有要求三级过滤，在生物洁净室中除了送风系统有三级过滤外，还会消除动物臭味、避免对环境的污染，依据不同情的况进行过滤或滤毒吸附过滤设置。
3、室内压力要求
空调不同对室内的压力要求也不同，普通空调对室内的压力没有太大要求，医用空调组合机组则对洁净区的正压值均有不同的要求，在负压洁净室内尚有负压度的控制要求。
4、特殊要求
与普通空调相比，医用空调组合机组对于材料、设备的选择、加工工艺、加工安装环境和设备部件储存环境等都有特殊要求。
5、对气密性的要求
两种空调对系统的气密性、渗气量都有要求，但医用空调组合机组要求会更高，需要在检测手段、各工序的标准上严格措施及测试要求。
6、对土建及其他工种的要求
普通空调对于土建等要求不会太严格，而医用空调组合机组更侧重于防尘、防起尘、防渗漏，对于施工工序安排及搭接上要求很严格，避免外部污染空气渗入洁净室及防止积尘对洁净室的污染。